Окно настройки программы (главное меню, Настройка - Настройка программы) содержит все общие настройки программы.

Вкладка Персоны содержит настройку полного имени персоны. Можно изменить порядок отображения частей полного имени, добавить поле данных, созданное пользователем. Опции Женские фамилии отличаются от мужских и Отчество зависит от имени отца используются про создании новой персоны. Например, при создании женщине сына, если отец не установлен, то при включённой опции Женские фамилии отличаются от мужских фамилия сына будет пустой, а при выключенной опции фамилия сына будет установлена по фамилии матери. При создании мужчине сына или дочери, при включённой опции Отчество зависит от имени отца программа будет искать персон того же пола, что и создаваемая, у которых отец носит то же имя, что и отец создаваемого ребёнка. Если такая персона найдена, то её отчество будет установлено отчеством созданному ребёнку. Опция Сокращать названия отношений родства позволяет отображать названия степеней родства в дереве и в росписи в сокращённом виде, например, «пра(2)дед» вместо «прапрадед».

Вкладка Даты содержит настройки формата отображения дат. Здесь устанавливается порядок и разделитель частей даты, разделитель между двумя датами, формат отображения юлианских («старый стиль») дат. Опция Сокращать позволяет отображать даты в сокращённом виде: слова «Около», «Вычислено», «Предположительно» заменяются на символ «~», «До» на «<», «После» на «>», «С» на «≥», «По» на «≤», «Между <дата1> и <дата2>» и «С <дата1> по <дата2>» на «<дата1>..<дата2>», «<дата1> или <дата2>» на «<дата1>/<дата2>».

На вкладке Места можно установить формат отображения мест (начиная от страны и заканчивая адресом или начиная от адреса и заканчивая страной), выбрать сервис карт. В окне редактирования места можно установить полное и краткое названия места, опция Использовать кратное название позволяет использовать краткие названия при отображении мест. Кнопка Очистить кэш карт позволяет очистить локальный кэш, который используется для отображения карт внутри программы и для поиска на картах.

На вкладке Дополнительно можно установить размер шрифта интерфейса программы, настроить действие по двойному щелчку в главных таблицах и в дереве (просмотр информации или редактирование). Опция Поиск точной фразы позволяет настроить способ поиска текста в главных таблицах и в дереве. Опция Выбор папки для файла при создании документа определяет, будет ли при создании документа выводиться окно выбора папки, в которую копируется файл документа; при выключенной опции файл будет скопирован в корень папки документов. Если опция Делать добавленное фото основным, если основное не установлено включена и в окне редактирования объекта (персоны и т.п.), у которого не установлено основное фото, создаётся документ-фотография, то она будет автоматически установлена как основное фото этого объекта. При включённой опции Создавать архивные копии периодически (если со времени последнего создания архивной копии прошло более 1 дня и было создано/изменено/удалено более 30 записей) предлагается создать архивную копию данных, это происходит при закрытии программы или при открытии другого файла данных. При нажатии на кнопку Очистить кэш данных будет очищен весь локальный кэш данных Древа Жизни, локальные настройки программы будут сохранены.